我市生态补偿资金筹集以市、县(区)及北岸财政为主,社会筹资为辅,当年度财政筹资的总额为上一年度全市财政总收入的千分之三,并列入当年财政预算,其中市财政出资45%,仙游县、荔城区、涵江区、城厢区、秀屿区财政各出资10%,北岸财政出资5%。2017年我市共筹集生态补偿资金5555万元,并于2017年11月下拨2017年度饮用水源生态补偿资金5404万元,其中市水利局96.16万元、仙游县2599.31万元、城厢区1360.13万元、涵江区1271.82万元、荔城区76.3万元、秀屿区0.28万元。
饮用水源生态补偿资金主要用于饮用水源地植树造林、生态修复、水土保持等生态保护工程及运行维护;城乡污水垃圾处理设施建设工程及运行维护;畜禽养殖业污染整治、生态果园等农业面源污染整治工程及运行维护;各水库管理单位和各县(区)级以下政府长效管理工作经费等方面。自2011年起我市建立饮用水源地生态补偿机制以来,已累计下拨生态补偿资金约3.8亿元,饮用水源地保护和生态修复工作得到有效推进,切实保障了饮用水源安全。